Nel 1993 inizia la prima stagione della serie Star Trek Deep Space 9. È il primo lavoro ufficiale di Star Trek che non è stato creato da Gene Roddenberry, morto due anni prima. Durerà per sette stagioni. Invece di una nave, come le altre serie, la storia si svolge intorno a una stazione spaziale. Ha una certa importanza nel gioco Star Trek Online, dal momento che due archi narrativi si svolgono nei suoi dintorni. Compreso l'ultimo. Il gioco si svolge 35 anni dopo la fine della serie, un piccolo promemoria (con spoiler) degli elementi che ancora corrono in questa storia.
La stazione fu costruita nel 2351 dall'egemonia cardassiana nel sistema Bajor. Chiamato Terok Nor, aveva due obiettivi: gestire l'area mineraria circostante e controllare la popolazione locale che non accettava l'occupazione militare. Nel 2369, dopo alcuni mesi di guerra contro la Federazione Unita dei Pianeti, l'Egemonia dovette abbandonare il sistema. Bajor è indipendente, ma la stazione è sotto il controllo della Federazione. Essendo fuori dai confini del momento, ci vuole il codice Deep Space. Il nono della serie. L'ufficiale in carica diventa il comandante Benjamin Sisko. Alcune delle sue truppe lasciano l'Accademia della Flotta Stellare. I suoi veterani sono principalmente trasferiti dalla USS Enterprise D. Deve trattare con il governo bajoriano indipendente, che richiede la partecipazione degli ufficiali del suo nuovo esercito. Infine c'è Odo, un alieno mutaforma di origine sconosciuta che ricopriva la carica di capo della sicurezza per i Cardassiani e che impressionò i bajoriani abbastanza da chiedergli di mantenere questo ruolo. Oltre alle esigenze diplomatiche, Deep Space 9 deve gestire la presenza di un wormhole o vortice verso il quadrante Gamma e quindi fungere da staffetta per le missioni esplorative. Divenne così uno dei principali punti di raccolta della Federazione nel Quadrante Alpha (se non il).
Un destino curioso è quello del comandante (poi capitano) Benjamin Lafayette Sisko. Nato a New Orleans sulla Terra, ha studiato ingegneria alla Flotta Stellare. Un veterano della Guerra Borg, è sopravvissuto alla Battaglia di Wolf 359 dove un singolo Cubo Borg ha distrutto 39 navi della Flotta Stellare. Le famiglie degli equipaggi erano a bordo, è riuscito a salvare suo figlio Jake ma ha perso la moglie. Ha anche partecipato alla progettazione del modello Defiant nei cantieri navali di Marte. Un ex superiore lo convince a unirsi al comando della Flotta Stellare (e quindi a cambiare da giallo a rosso), il che significa che si trova a capo di Deep Space 9. Là, scopre che le profezie bajoriane parlano di lui. Sarebbe stato l'Emissario, un essere che dovrebbe aiutare i loro dei battezzati Profeti a sconfiggere i loro nemici. Inoltre scomparirà adempiendo questa profezia.
Il comandante allora capitano Sisko ebbe diversi problemi da gestire durante i 7 anni del suo mandato alla guida di Deep Space 9. Oltre a Bajor, che era auspicabile che si unisse alla Federazione (una prima richiesta fu fatta nel 2373 ma fu rinviata a causa della guerra in corso, la seconda nel 2375 portò all'integrazione ufficiale l'anno successivo), Cardassia rimase un vicino delicato da gestire. L'Egemonia stava infatti attraversando una crisi politica tra militaristi e un giovane movimento democratico. Sorsero guai anche da parte delle Federazioni con la formazione dei Maquis. Ad alcuni coloni non piacevano parti del trattato di pace, fondarono un'organizzazione terroristica nascosta nella vicina area delle Badlands. Diversi ufficiali di medio livello della Flotta Stellare disertarono per riempire i loro ranghi. Ma la minaccia più grande proveniva dal quadrante Gamma. Gli esploratori della Flotta Stellare hanno attirato l'attenzione di un'entità politica chiamata Dominion e governata da mutaforma della stessa razza di Odo. Hanno attaccato il quadrante alfa. I profeti bajoriani immobilizzarono una flotta facendola scomparire nel vortice tra i quadranti, ma altre navi passarono. I loro soldati hanno raso al suolo le basi dei Maquis. Esortarono i Klingon a invadere Cardassia per fare alleati. Si sono anche alleati con i Breen. La Guerra del Dominio durò dal 2373 (anche se le prime scaramucce iniziarono nel 2370) fino al 2375 quando l'unione della Federazione, dell'Impero Klingon e dell'Impero Romulano catturò uno dei leader nemici e costrinse la firma del Bajor's Treatise on Deep Space 9.
Dopo la scomparsa del capitano Sisko, è il suo braccio destro, il colonnello bajoriano Kira Nerys, a succedergli per un certo periodo. Quando lascia l'esercito per diventare un alto religioso, la Flotta Stellare invia il Capitano James Kurland. Bajor è entrato a far parte della Federazione, non c'è più nemmeno l'obbligo di direzione e gestione mista. La macchia mediterranea è scomparsa. La ricostruzione di Cardassia ha guidato i democratici di Natima Lang e Elim Garak. Ex spia, quest'ultima ha vissuto a lungo su Deep Space 9 come sarta ed è a capo di una grande azienda tessile. Nel 2393, il militarista Madred, politicamente sconfitto, si alleò con i dissidenti del Dominio per formare l'organizzazione terroristica True Path, ma le loro azioni non furono limitate al solo settore. Le Badlands rimangono difficili da pattugliare. Per quanto riguarda il Dominio, si sono ritirati, lasciando uno dei loro ostaggi. Hanno reintegrato Odo tra loro come garanzia di essere guidati diversamente. La stazione è quindi piuttosto calma, se non fosse necessario tener conto della presenza klingon imposta per mantenere un certo equilibrio nella Guerra Fredda tra le due potenze.
Uno dei luoghi più famosi della stazione Deep Space 9 è il bar di Quark, che prende il nome dai Ferengi che lo gestiscono da anni. Sua madre aveva sposato il Grand Nagus, il capo di stato del loro popolo. Ha spinto Rom, l'altro suo figlio, come successore. Rom che aveva lavorato per suo fratello prima di diventare un ingegnere tra i bajoriani in servizio nella stazione. Rom il cui figlio Nog si è unito alla Flotta Stellare e il primo Ferengi a farlo (Ferenginar non fa parte della Federazione, ma la Flotta Stellare ha un programma speciale per alcuni studenti). Nog, che ora è il capitano della USS Chimera. Rom ha sposato Bajoran Leeta, che era una cameriera al bar di Quark. Quando lasciò Deep Space 9, Quark divenne il consigliere di suo fratello. È anche il capo di una società Dabo che utilizza l'immagine olografica di sua cognata. Un altro governo colpito da quello che è successo su questa stazione.
In Star Trek Online, Deep Space 9 è un trasporto veloce che si sblocca aumentando la sua diplomazia / raid (a seconda della fazione) al rango 4. La stazione è coinvolta in due campagne. Il primo richiede di affrontare una conseguenza della guerra del Dominio alla periferia dello spazio Cardassiano. Più recentemente, nella stagione 11 New Dawn, l'Impero Terrestre dell'Universo Specchio si lancia in incursioni da un punto ravvicinato. E chi saranno i capitani responsabili della risoluzione di questi problemi?
