Em 1993 começa a primeira temporada da série Star Trek Deep Space 9. É o primeiro trabalho oficial de Star Trek que não foi criado por Gene Roddenberry, que morreu dois anos antes. Vai durar sete temporadas. Em vez de uma nave, como nas outras séries, a história se passa em torno de uma estação espacial. Tem uma certa importância no jogo Star Trek Online, já que dois arcos de história acontecem em seu entorno. Incluindo o mais recente. O jogo se passa 35 anos após o final da série, um pequeno lembrete (com spoilers) dos elementos que ainda rodam nessa história.
A estação foi construída em 2351 pela Hegemonia Cardassiana no sistema Bajor. Chamado de Terok Nor, tinha dois objetivos: administrar a área de mineração ao redor e controlar a população local que não aceitava a ocupação militar. Em 2369, após alguns meses de guerra contra a Federação dos Planetas Unidos, a Hegemonia teve que abandonar o sistema. Bajor é independente, mas a estação está sob o controle da Federação. Como está fora das fronteiras do momento, leva o código Deep Space. O nono da série. O oficial responsável passa a ser o comandante Benjamin Sisko. Algumas de suas tropas deixam a Academia da Frota Estelar. Seus veteranos são transferidos principalmente da USS Enterprise D. Ela precisa lidar com o governo bajorano independente, que exige a participação de oficiais de seu novo exército. Finalmente, há Odo, um estrangeiro metamorfo de origem desconhecida que ocupava o posto de chefe de segurança dos cardassianos e que impressionou os bajoranos o suficiente para pedir-lhe que mantivesse esse papel. Além das necessidades diplomáticas, Deep Space 9 deve gerenciar a presença de um buraco de minhoca ou vórtice em direção ao quadrante Gama e, portanto, servir como um relé para missões de exploração. Assim, tornou-se um dos principais pontos de encontro da Federação no Quadrante Alfa (se não o).
Um destino curioso é o do comandante (então capitão) Benjamin Lafayette Sisko. Nascido em Nova Orleans na Terra, ele estudou engenharia na Frota Estelar. Um veterano da Guerra Borg, ele sobreviveu à Batalha de Wolf 359, onde um único Cubo Borg destruiu 39 naves da Frota Estelar. As famílias das tripulações estavam a bordo, ele conseguiu salvar seu filho Jake, mas perdeu sua esposa. Ele também participou do projeto do modelo Defiant nos estaleiros de Marte. Um ex-superior o convence a entrar no comando da Frota Estelar (e, portanto, mudar de amarelo para vermelho), o que significa que ele se encontra à frente do Espaço Profundo 9. Lá, ele descobre que as profecias Bajorianas falam dele. Ele seria o Emissário, um ser que deveria ajudar seus deuses aos Profetas batizados a derrotar seus inimigos. Ele também desaparecerá ao cumprir essa profecia.
O então comandante capitão Sisko teve vários problemas para administrar durante os 7 anos de seu mandato à frente da Deep Space 9. Além de Bajor, era desejável que ela ingressasse na Federação (um primeiro pedido foi feito em 2373, mas foi adiado devido à guerra em curso, a segunda em 2375 levou à integração oficial no ano seguinte), Cardassia continuou a ser um vizinho delicado para gerir. A Hegemonia estava de fato passando por uma crise política entre os militaristas e um jovem movimento democrático. Problemas também surgiram do lado da Federação com a formação do Maquis. Alguns colonos não gostaram de partes do tratado de paz, eles fundaram uma organização terrorista escondida em sua área vizinha de Badlands. Vários oficiais da Frota Estelar de nível médio desertaram para preencher suas fileiras. Mas a maior ameaça veio do quadrante Gama. Os exploradores da Frota Estelar atraíram a atenção de uma entidade política chamada Domínio e governada por metamorfos da mesma raça de Odo. Eles atacaram o Quadrante Alfa. Os profetas bajoranos imobilizaram uma frota fazendo com que ela desaparecesse no vórtice entre os quadrantes, mas outras naves passaram. Seus soldados arrasaram as bases dos Maquis. Eles incitaram os Klingons a invadir Cardassia para fazer aliados. Eles também se aliaram aos Breen. A Guerra do Domínio durou de 2373 (embora as primeiras escaramuças tenham começado em 2370) a 2375 quando a união da Federação, o Império Klingon e o Império Romulano capturaram um dos líderes inimigos e forçou a assinatura do Tratado de Bajor no Espaço Profundo 9.
Após o desaparecimento do capitão Sisko, é seu braço direito, o coronel bajorano Kira Nerys, que o sucede por um tempo. Quando ela deixa o exército para se tornar uma alta clériga, a Frota Estelar envia o Capitão James Kurland. Bajor ingressou na Federação, não existe mais nem mesmo uma obrigação de direção e gestão mista. O Maquis desapareceu. A reconstrução de Cardassia levou os democratas de Natima Lang e Elim Garak. Ex-espião, o último viveu por muito tempo em Deep Space 9 como alfaiate e está à frente de uma grande empresa têxtil. Em 2393, o militarista politicamente derrotado Madred aliou-se aos dissidentes do Domínio para formar a organização terrorista True Path, mas suas ações não se limitaram apenas ao setor. Os Badlands continuam difíceis de patrulhar. Quanto ao Domínio, eles recuaram, deixando um de seus próprios reféns. Eles reintegraram Odo entre eles como uma garantia de serem orientados de outra forma. A estação fica assim bastante tranquila, se não se tivesse que levar em conta a presença klingon imposta para manter um certo equilíbrio na Guerra Fria entre as duas potências.
Um dos pontos mais famosos da estação Deep Space 9 é o bar do Quark, em homenagem ao Ferengi que o administra há anos. Sua mãe se casou com o Grande Nagus, o chefe de estado de seu povo. Ela empurrou Rom, seu outro filho, como sucessor. Rom que havia trabalhado para seu irmão antes de se tornar um engenheiro entre os bajoranos que serviam na estação. Rom cujo filho Nog se juntou à Frota Estelar e o primeiro Ferengi a fazê-lo (Ferenginar não faz parte da Federação, mas a Frota Estelar tem um programa especial para alguns alunos). Nog, que agora é capitão do USS Chimera. Rom se casou com Bajoran Leeta, que era garçonete no bar Quark. Quando ele deixou Deep Space 9, Quark se tornou o conselheiro de seu irmão. Ele também é o chefe de uma empresa Dabo usando a holimagem de sua cunhada. Outro governo afetado pelo que aconteceu nesta estação.
Em Star Trek Online, Deep Space 9 é um rápido desbloqueio de transporte, elevando sua diplomacia / invasão (dependendo da facção) para a classificação 4. A estação está envolvida em duas campanhas. O primeiro requer lidar com uma consequência da guerra do Domínio nos arredores do espaço Cardassiano. Mais recentemente, na 11ª temporada de New Dawn, o Império Terrano do Universo Espelho se lança em investidas de um ponto próximo. E quem serão os capitães responsáveis por solucionar esses problemas?
