Com o modo Conquest, novos NPCs apareceram, em certos planetas, em postos avançados de cada facção.
Cada slot pode ter um Commander (5 milhões de HP ou um Veteran Battlemaster (800K HP). Eles estão localizados em postos avançados do inimigo, então você será marcado como PvP.
Uma vez derrotado, cada membro do grupo recebe um "Projeto da Flagship: Codificação", e o Comandante também tem a chance de soltar um "Projeto da Embarcação", usado para desbloquear moedas na nave (máximo de 12 projetos por oficial comandante).
Os comandantes reaparecem após 3 horas, mas têm um escudo que os torna imunes a danos (não Battlemasters), que duram 6 horas ou quando a guilda que controla o planeta os bombardeia, desativando seu escudo. Este bombardeio, denominado "Flagship: Galactic Hunter Parade", pode ser comprado da frota, no NPC Planetary Conquest Gear, por 1 Dark Project.
Aqui está a lista de comandantes com suas localizações:
Tatooine
Posto Avançado de Thorazan, Mar das Dunas
Alderande
Círculo de Comércio, Col du Roi
Quesh
Acampamento de mineração da república
Hoth
Posto Avançado de Zerek, Cemitério Espacial
Belsavis
Torre de Vigia da República, setor de alta segurança
Voss
Posto avançado de Kri-Ta, arredores de Pelath-Ri
Corellia
Estação de bonde norte, distrito governamental
Ilum
Acampamento Base da República, Camada de Gelo Ocidental