Com o modo Conquest, novos NPCs apareceram, em certos planetas, em postos avançados de cada facção.
Cada slot pode ter um Commander (3500K HP ou um Veteran Battlemaster (571K HP). Eles estão localizados em postos avançados inimigos, então você será marcado como PvP.
Uma vez derrotado, cada membro do grupo recebe um "Flagship Blueprint: Encoding", e o comandante também tem a chance de soltar um "Flagship Blueprint", usado para desbloquear moedas na nave.
Os comandantes reaparecem após 3 horas, mas possuem um escudo que os torna imunes a danos, que duram 6 horas ou quando a guilda que controla o planeta os bombardeia, desativando seu escudo. Este bombardeio, denominado "Flagship: Galactic Hunter Parade", pode ser comprado da frota, no NPC Planetary Conquest Gear, por 1 Dark Project.
Aqui está a lista de comandantes com suas localizações:
Tatooine
Posto avançado de Zaroshe, Mar das Dunas
Alderande
Posto avançado de Talarn, montanhas Juran
Quesh
Guarnição Imperial
Hoth
Frozen Wake Outpost (Gelvif), Cemitério Espacial
Belsavis
Posto de Comando Imperial, Setor de Alta Segurança
Voss
Posto avançado do supervisor, arredores de Pelath-Ri
Corellia
Setor comercial, distrito governamental
Ilum